Legalmente hablando, que Nintendo busque defender sus propiedades intelectuales es lo más normal del mundo, pero que lo hagan en la forma que lo hacen me parece la mayor cagada de la industria.
El caso que siempre se me viene a la mente es el de Another Metroid 2 Remake, es un juego que tiene mucho cariño, y aunque se puede conseguir en internet, Nintendo mandó un DMCA, teniendo en cuenta que es un fangame lanzado de forma gratuita, para el 30 aniversario de Metroid, cuando ellos lo único que habían lanzado en años era el Federation Force.
Cada compañía tiene diferentes formas de ver las cosas, pero todas se irán por la opción que crean les dará más dinero, SEGA iba bien con Sonic Mania, y ahí está lo que pasó con Origins.
Como dices, estas cosas, aunque las compañías no están solo en la libertad, sino en el derecho de hacerlas, solo causan resentimiento dentro de la comunidad, y más cuando el proyecto de fans en cuestión es tan bueno o mejor que lo que hacen las compañías propiamente.
Siento que los más permisivos en este tema son los creadores de juegos indies, literal existen miles de fangames de FNAF y a Scott Cawthon nunca le importó el tema del "copyright", es más, hasta apoyaba a los fangames (los de mayor calidad y futuro) de maneras muy curiosas como financiándolos con su propio dinero gracias a una campaña que hizo, llamada "La Iniciativa Fazbear Fanverse"