Markdown sí es un lenguaje de marcado, pero no es un estándar. Muchos programas, por lo general. lo aceptan para permitirle al usuario maquetar su contenido, dado que es muy sencillo de usar, pero, una vez el usuario envíe su contenido, esos programas convertirán el código markdown ingresado en código HTML, porque este último es el estándar.
Me alegra te haya parecido bastante informativo. Gracias por leer y comentar!